武夷學院校旗以“紅色土地，綠色希望”為設計理念。具體是：校旗為綠底及紅底拼接，中上部為紅底，中間為?；?。紅色代表我校地處閩北中央蘇區，有紅色歷史土壤的孕育。下半部為綠底，中間為黃色的中英文武夷學院字樣。綠色代表著我校地處閩北綠色腹地，有著豐富的自然綠色植物和良好的生態環境，又與創辦現代生態綠色校園相呼應。